يعد مجلس الأمناء الهيئة الرئيسية في عملية صنع القرار وهو الجهة المسؤلة عن تحديد السياسة العامة للمركز. يتكون مجلس الأمناء من ممثلي الدول الأعضاء. وكل عضو من مجلس الأمناء يكون له صوت واحد في أعمال المجلس. كما يمكن للدول والمنظمات الدولية والوكالات الداعمة التي تربطها اتفاقيات تعاون مع المركز حضور الاجتماعات بصفة مراقب.